El-Sisi lahir pada 19 November 1954 di Kaherah. Dia dibesarkan di Gamaleya, beberapa puluh meter dari Masjid Al-Azhar dan tinggal di kuarters di mana orang beragama Muslim, Yahudi dan Kristian hidup dengan harmoni. Beliau sering mendengar loceng gereja dan menyaksikan masyarakat Yahudi Mesir ke rumah ibadat mereka tanpa sebarang halangan. Keluarganya berasal dari Monufia Governorate . Dia anak kedua dari lapan beradik (ayahnya kemudian memiliki enam anak lain dengan isteri kedua) . Ayahnya, seorang Muslim konservatif, tetapi tidak radikal, pemilik toko barang antik kayu bagi palancong di bazaar bersejarah Khan el-Khalili. Dia sering dilihat berkunjung ke perpustakaan Universiti al-Azhar. Dia bertemu dengan isterinya Entissar Amer dan mereka berkahwin pada tahun 1977.